Yogyakarta adalah daerah pertama yang menyatakan bergabung dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, di saat kerajaan-kerajaan lain waktu itu masih bimbang akan memihak Belanda atau NKRI. Bahkan ada kerajaan yang secara terang-terangan memihak Belanda. Penyebutan Istimewa dari Pemerintah NKRI yang kemudian diikuti dengan sejarah perpindahan ibukota ke Yogyakarta ini salah satu akarnya adalah "Maklumat 5 September 1945 Sultan Hamengkubuwono IX, yang terkenal dengan sebutan “AMANAT SERIPADUKA INGKANG SINUWUN KANDJENG SULTAN YOGYAKARTA.” Berikut isi amanat tersebut:

1.Bahwa Negeri Ngajogjokarto Hadiningrat yang bersifat kerajaan adalah daerah istimewa dari Negara Republik Indonesia.

2.Bahwa segala kekuasaan penuh segala urusan pemerintahan dipegang penuh oleh kepala daerah yaitu raja / sultan.

3.Bahwa hubungan Negeri Yogyakarta Hadiningrat dengan pemerintah pusat Negara Republik Indonesia bersifat langsung dan kami (dalam hal ini sultan) bertanggung jawab atas yogyakarta langsung kepada presiden Republik Indonesia.